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mestrado em
Sistema de Informação de Apoio ao Ensino
[ Escola de Ciências da Vida e do Ambiente ]
Sexta , 14 de Agosto de 2020
2º Semestre, Ano letivo: 2019 / 2020
   
   
 
 
 
Unidades Curriculares
 
Introdução à análise computacional de biomoléculas
   
Descrição - Objectivos (Ficha da Unidade Curricular)

Objectivos da Unidade Curricular e competências a desenvolver

Esta Unidade Curricular pretende dotar os estudantes com os conhecimentos e as competências fundamentais para a compreensão de modelos quânticos fundamentais que constituem a base da bioinvestigação computacional. Os alunos, no final da Unidade Curricular, devem ser capazes de reconhecer e utilizar modelos individuais ou mistos que sejam adequados à resolução dos problemas propostos. Devem ser capazes de comentar com espírito crítico os resultados dos principais modelos computacionais utilizados na área da bioquímica no contexto das ciências da saúde.

Planificação da actividade letiva (de acordo com calendário escolar)

Não publicado

Demonstração da coerência dos conteúdos programáticos com os objectivos da Unidade Curricular

Os tópicos de Mecânica Estatística e Mecânica Molecular visam a transmissão de conceitos fundamentais, essenciais para compreensão das forças responsáveis pela dinâmica molecular. A integração das equações do movimento assenta na compreensão da resultante das forças que atuam em sistemas químicos e biológicos através leis da mecânica clássica. Para o calculo e simulação de sistemas dinâmicos é importante reconhecer a periodicidade das fronteiras dos sistemas simulados bem como a necessidade de definir condições fronteira realistas. A dimensão dos sistemas simulados é limitada pelo poder computacional disponível pelo que é necessário truncar o alcance das interacções intermoleculares para distâncias mais curtas com a consequente produção de distorções dinâmicas e estruturais. Como estratégia para ultrapassar esse problema recorre-se à utilização de funções suavizantes e ao método PME (Particle Mesh-Ewald).

Metodologias de ensino/aprendizagem utilizadas (métodos de trabalho, funcionamento da U.Curricular, recursos necessários, etc.)

As aulas são práticas. Os conceitos são expostos com recurso a meios multimédia. Os alunos são acompanhados e orientados na resolução dos problemas propostos dando um maior enfoque à interpretação das soluções obtidas a partir de simulações computacionais.

Demonstração da coerência das metodologias de ensino com os objectivos da Unidade Curricular

As aulas são dedicadas à apresentação e ao desenvolvimento sistemático dos conceitos lecionados bem como à orientação dos alunos na formulação, resolução e análise de problemas práticos, através de exemplos resolvidos em aula. São usadas ferramentas computacionais de simulação na resolução e análise dos problemas propostos,
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